He notado que el servidor del trabajo desconecta a los 10 minutos aunque haya actividad. La mejor solución para no perder tiempo es descargar los respaldos de 2 gb con winscp.
Otra cosa que voy a tener que hacer es modificar un script de respaldo para que no use ftp sin tar, debido a que algunos directorios miden mas de 2000 archivos y es limitación del pure-ftp de mostrar solo 2000 podría provocar problemas si se usan ftp para respaldos.